Según consta en los archivos Diocesanos del Obispado de Cádiz y Ceuta esta Esclavitud fue fundada en Cádiz el nueve de marzo de 1628, tras llegar los Mercedarios a Cádiz dos años antes. Una época de reconocido esplendor fue durante los años 1658 al 1663, porque el Señor Pedro Ximénez de Guzmán, familiar del Santo oficio y regidor de la ciudad, y su esposa Doña Isabel Peláez, en concepto de protectores de la Orden mercedaria, y como oficial de la Esclavitud fundó un muy rico patronato.

También conocemos que, tras una temporada algo alicaída, es reflotada por el M.R. Padre Fray Ambrosio de San Cayetano, Provincial de Andalucía y establecida canónicamente en el Convento de Padres Mercedarios Descalzos de esta ciudad el día 23 de octubre del año 1776, agregada a la Archicofradía a primera Esclavitud de Roma; de la Celestial, Real y Militar Orden de Nuestra Señora de la Merced, Redención de Cautivos Cristianos por Decreto de 5 de noviembre del citado año 1776, dado en Madrid por el M.R. Padre Vicario General de los Descalzos, Fray Juan Antonio de la Virgen, y ha permanecido hasta nuestros días, en torno a su Amantísima Madre. Las primitivas Reglas y constituciones fueron aprobadas por el M.R. Padre General de la Orden Fray Miguel Ramón de San José el 13 de septiembre de 1777 y por el Juez Eclesiástico del Obispado de Cádiz, Don José Muñoz y Razo, Provisor y Vicario General el 22 de octubre del citado año 1777. Es co-patrona de la ciudad de Cádiz desde el año de 1885.

En 2015 se incorporó al título de la Archicofradía a Nuestro Padre Jesús Nazareno de la Obediencia, para realizar su primera salida procesional en las vísperas de la Semana Santa de 2023 en la jornada del Sábado de Pasión.

El 2 de febrero de 2024 se bendice la imagen de María Santísima Madre de Dios de la Misericordia, tras ser donada a la Archicofradía.

Parroquia de Nuestra Señora de la Merced.

Nuestro Padre Jesús Nazareno de la Obediencia, representa al Señor abrazando la Cruz, es imagen atribuida a Cosme Velázquez Merino del primer tercio del siglo XIX, imagen que fue donada por una jerezana y entregada al entonces párroco de la Merced, padre José Sánchez Ortega; siendo posteriormente cedida a esta Archicofradía. Es reformado por el escultor gaditano Luis González Rey en 2020, quien realiza nuevo cuerpo y le confiere nueva policromía.

Madre de Dios de la Misericordia es obra de Luis González Rey, que realiza su boceto en 1996, siendo pasada años más tarde a madera por encargo de un particular, es bendecida en 2024.

La actual talla de la Virgen de la Merced, Titular Gloriosa, es obra de Luis Jiménez, quien la realiza en 1940, que viene a sustituir a la anterior imagen quemada en los disturbios de 1936. Fue intervenida en 1993 por Luis González Rey. 

El Señor de la Obediencia aún no cuenta con paso propio.

La Virgen procesiona en su festividad en paso de palio, cuyos respiraderos son obra de los talleres de Villarreal y los varales, ánforas y candelería de Manuel de los Ríos. Decir que este palio cuenta solamente con diez varales, en lugar de doce como es tradicional. El palio esta bordado en oro sobre malla, fue comenzado por Mariano Arce Camacho y concluidos en los extintos talleres de la propia Esclavitud.

Son dos escudos ovalados y unidos en sus zonas inferiores, rematados por la corona real. En el escudo izquierdo aparece el emblema de la orden mercedaria; constituido por cruz blanca en campo rojo, símbolo de la Catedral de Barcelona donde se fundó la Orden Mercedaria el día 10 de agosto de 1218; debajo las cuatro barras rojas en campo dorado simbolizan el reino de Aragón. ​ El escudo derecho está constituido por una S cruzada de arriba abajo por un clavo en campo azul, símbolo de Esclavitud Celestial de María Santísima. La corona de oro que remata el escudo simboliza la majestad del Rey D. Jaime I de Aragón. En la unión de ambos óvalos, un círculo con las iniciales J.H.S. en su interior y rodeando al escudo entero una rama de olivo a la izquierda y una rama de palma a la derecha.

El hábito de la corporación queda compuesto por capirote, túnica y escapulario blanco, con cinturón negro.

Destacan los cultos en honor a la Virgen en el mes de septiembre, dentro de los cuales concurren la presentación a la Virgen de los nacidos durante el año. Como colofón se produce la salida procesional de la Virgen de la Merced el domingo más próximo a su festividad. Rosario de antorchas con la Virgen.

En Cuaresma se realiza un Solemne Triduo en honor al Nazareno de la Obediencia y salida de la imagen del Señor en piadoso Vía Crucis por las calles de la feligresía del templo mercedario.

Posee unos escupularios de 1790 y un escudo de gran valor. Saya de la Virgen bordada en 1939, por manos anónimas, realizada en raso blanco e hilo de plata. La Virgen porta grilletes en sus manos al ser patrona de las instituciones penitenciarias.

La Señora de la Merced posee dos coronas, una dorada para sus salidas procesionales realizada por el orfebre sevillano Manuel de los Ríos, y la segunda de plata realizada en los talleres de Angulo de Lucena, en 1941. Esta última la luce en sus cultos internos, de bajo canasto y altos imperiales todo de decoración vegetal, con óvalos lisos y de bandas; la ráfaga presenta en su interior exorno de rocallas y hojas, con dos grandes escudos en el centro, ovales, uno con la letra S atravesada por un clavo, y encima otro con el escudo mercedario; resplandores continuos, rectos y sin estrellas, dejan en su centro el orbe con la Cruz.